社会公益研究专项是国家财政支持科技公共领域的重要方面，也是"十五"国家科技计划体系中研究开发条件建设的重要组成部分。它与国家其它科技计划、科技资金相互衔接和补充，以利于科技资源的统筹布局、合理配置。
社会公益研究专项结合公益类院所改革形成的新的布局，重点支持若干社会公益研究基地建设，形成社会公益研究网络，为社会可持续发展和公益服务事业提供技术保障，促进社会公益研究的可持续创新能力和水平的提高。
社会公益研究专项以项目（任务）形式，为社会公益研究人才提供良好的软、硬件环境，稳定和壮大社会公益研究队伍，提高社会公益研究能力与服务水平。
社会公益研究专项优先支持社会公益类科研院所改革与发展。与科技体制改革等工作相配合，通过科研院所改革绩效的考核评估，择优重点支持、引导科技体制改革工作的发展方向，推动以科研院所为主体承担的社会公益研究工作持续、稳定地开展。
一、社会公益研究专项的指导思想、发展目标
（一）指导思想
根据"十五"科技计划体系的总体布局和社会公益事业发展的客观需求，"十五"期间，社会公益研究专项要按照"突出重点、优化机制、建设基地、凝聚人才、推动改革"的指导思想，针对国家公益事业的重大问题进行安排和部署，与其它科技计划和其它层面科技工作进行有效衔接配合，实现国家科技资源的优化配置。创造政策性资金支持环境，为科研机构（尤其是社会公益类科研机构）改革及社会公益研究能力与水平的提高提供服务和支持。
（二）发展目标
1.针对我国社会公益问题的迫切需求，集中安排一批公益研究技术开发项目，逐步形成对共性、经常性和服务性公益研究的稳定支持渠道，为社会持续、协调发展提供技术支撑和服务。
2.以社会公益类科研院所为重点依托单位，形成20-30个社会公益研究基地；优化和稳定一批高水平的公益研究队伍，带动我国公益研究体系的形成。
3.建立健全竞争、开放、流动、协调的社会公益研究管理运行机制，以及社会公益研究成果网络化的社会共享机制，为社会公益研究的长期发展奠定坚实的基础。
4.配合科技体制改革，与相关改革措施相互配合，推动形成有利于科技体制改革的支持体系和政策环境，提高社会公益研究可持续创新能力。
二、重点支持方向
根据对社会公益研究的需求分析，结合国家重点科技工作的整体部署，考虑现有的工作、机构和队伍基础，基于国家财力可能，"十五"期间社会公益研究专项优先支持和安排以下重点领域和方向：
（一）监测研究类
通过安排涉及到国家和人民安全和社会协调发展的重点领域的监测研究，为及时、准确掌握资源、环境变化情况，自然和人为灾害发生和发展状况提供技术支撑，促进监测技术服务体系的形成。
（二）预警研究类
研究预防和降低各种人为和自然灾害的预警体系，为有效地对国民经济和社会发展做出预先部署，提高应变和防灾减灾能力提供技术支撑与服务。
（三）公共安全体系研究
围绕促进社会安全和持续、稳定发展开展相关研究和技术服务，为国民提供安全的生产和生活环境。
（四）人口健康与保障体系研究
围绕提高我国人口质量和水平，提高人民生活质量，开展相关研究和技术服务，为国民提供坚实的生活保障。 （五）农业和社会发展
围绕农业和社会发展的中心工作，支持具有科技内涵、有重大示范引导作用的农业和社会发展领域相关公益性科技工作的开展。
三、实施原则和管理
（一）实施原则
1.实现项目、基地、人才相结合，以项目的实施，带动优势院所相关工作的开展，逐步形成相关公益领域的研究基地，并稳定一批高水平的社会公益研究队伍。
2.坚持公益性、非营利性、服务公众方向，重点突出社会公益领域共性、基础性、服务性的技术开发和成果应用。
3.以科研院所为主体，联合相关研究力量，分层实施社会公益研究项目。对具有系统性、优势集成的公益研究工作优先支持，对公益类院所改革试点单位优先支持。
4.坚持公益研究的标准化、规范化、国际化方向。倡导和建立国际合作交流机制，积极吸纳国际资金和研究成果。对于战略性、全球性的社会公益研究，联合多渠道予以重点支持。
5.充分发挥中介机构在项目实施与管理中的作用，重点项目立项采取专家咨询和评估结合的方式，有条件的项目以招投标方式确定承担单位。
6.实现公益研究资源和成果的社会共享，面向全社会进行公益技术服务。
（二）项目管理
1.成立专项工作小组；加强对专项的组织实施和监督管理；充分发挥专家咨询作用，形成项目申报、评审、实施、经费预算管理各环节有机组成、相互制约的运行机制。
2.对重点项目和一般项目实行分类管理。社会公益研究专项分重点项目和一般项目两个层次实施。国家将集中专项经费的70-80%左右用于支持重点项目。重点项目的支持强度为300万元左右。1年后，对项目执行情况进行检查评估，并根据项目的性质和特点，再确定以后是否继续支持以及支持的强度。专项经费的20-30%左右用于支持一般项目，支持强度为50-80万元。
3.实施课题制管理，强化过程管理和动态监测。引入中介机构参与管理，加强对项目运行全过程的动态监督。对重点项目进行中间检查、跟踪，建立项目的动态调整和滚动机制，实行年度报告制度、网上公示制度和信息交流制度。
（三）重点项目和一般项目遴选的基本条件
1.重点项目的遴选条件
--符合国家目标，解决社会需求非常迫切的重大公益性问题。
--优先支持列入社会公益科研机构体制改革试点的单位和国家层次的社会公益研究基地。
--属于行业共性技术工作，需要跨部门（行业）、跨学科、联合协作、共同开展的项目。
--申报单位在本行业或领域有较强的研究实力。
2.一般项目遴选条件
--符合行业和地区发展目标，社会需求比较迫切。
--有一定预研基础，对申报单位学科调整、布局优化有较大影响的项目。
--申报单位具备项目实施所需的基本条件。